치즈의 식감과 냄새, 맛은 모두 미생물 때문이다. 미생물이 우유를 아미노산, 젖산, 지방산 등으로 분해하는 방식에 따라 치즈 종류별로 특이한 풍미와 질감이 만들어진다.
치즈 제작자들은 신중히 선택한 미생물들을 혼합물(보통 우유, 소금, 소화효소 레넷)에 섞거나, 또는 자연의 박테리아가 알아서 일을 하도록 놔둔다. 치즈 제작자들은 또한 습도와 염도, 산도를 바꾸어 박테리아 성장 속도와 규모를 조절할 수 있다. 이 모든 선택이 최종 결과물에 영향을 미친다.
냄새가 지독하고 불그스름한 껍질을 원한다면 치즈 외부를 산소를 좋아하는 브레비박테리아로 닦아서 단백질을 분해해 아민과 황으로 바꾸면 된다. 구멍이 많은 치즈가 좋다면 프로피오니박테리아를 쓰면 젖산을 이산화탄소로 바꿔 준다. 여기 보여주는 관계망을 통해 세계 최고의 인기 치즈를 만드는 데 쓰이는 미생물들을 알 수 있다.